Con los nombres mas comunes o conocidos se pueden tomar referencias anteriores para ver como es que los japoneses han elegido escribirlos, si el nombre no pertenece a alguien muy famoso pues es difícil encontrar la referencia, pero con la mayoría es tan sencillo como ir a la wikipedia.
Por ejemplo Quetzalcóatl, lo único que tienes que hacer es ir a la wikipedia en español, buscarlo, entrar al artículo dedicado a él, ya dentro podrás ver a tu izquierda una lista de lenguajes donde existe también un artículo sobre ése dios, buscas 日本語 y le das click, con eso entras a la página de la wikipedia en japonés que trata sobre Quetzalcóatl y como título puedes ver el nombre en katakana (en éste caso ケツァルコアトル )
Huitzilopochtli es ウィツィロポチトリ
Xóchitl (cuando menos la forma que se usó para el nombre de una luchadora mexico-japonesa)
es ソチ
Axayacatl es アシャヤカトル
De todas maneras la pronunciación de un nombre personal puede variar de acuerdo al lugar donde se usa incluso si se escribe de la misma manera, y eso se refleja en la manera en que se pasa a katakana. Yo por ejemplo he visto al menos 3 maneras "oficiales" de convertir a katakana mi nombre.