Estas palabras se llaman "同音異義語(どうおんいぎご)" y hay un montón de homónimos en japonés. Hay demasiado muchos para indicar todos aquí.
Por ejemplo,

「はし」→橋(hasí)・端(hasí)・箸(hási)
「あめ」→雨(áme)・飴(amé)
「つち」→土(tsuchí)・槌(tsúchi)
「たこ」→蛸(táko)・凧(takó)
「あか」→赤(áka)・垢(aká)
「しろ」→白(shíro)・城(shiró)
「かね」→金(kané)・鐘(kané)
「はな」→花(haná)・鼻(haná)
「あい」→愛(ái)・藍(ái)
「こい」→恋(kói)・鯉(kói)・故意(kói)
「かんしょう」→干渉(kanshou)・鑑賞(kanshou)・観賞(kanshou)・感傷(kanshou)・観照(kanshou)
「せいり」→生理(seiri)・整理(seiri)
「かてい」→仮定(katei)・家庭(katei)・過程(katei)・課程(katei)

Es cierto que hay homónimos cuyo pronunciación cambia por la posición de acento, pero no hay ningún reglamento sobre eso. Lamentablemente no hay más remedio que memorizarlos uno por uno.
Sin embargo, el idioma japonés no tiene acento claro y se pronuncia monótonamente, por eso aunque hables algo sin acento, sentiremos poco sentido incongruente. Antes bien puede molestarnos tus acentos de español.