¿Cómo saber cuáles son las lecturas por defecto de cada kanji  y como diferenciar una de la otra en cada caso?

Lo de la lectura por defecto puede ser bastante confuso, así que primero voy intentar aclarar una cosa: Como mencionaste, los kanjis tienen dos lecturas, On'yomi (lectura china) y Kun'yomi (lectura japonesa), EN RESUMEN cuando un kanji se lee acompañado de hiragana la lectura que aplica es la de kun'yomi, cuando hay dos o más kanjis formando una palabra se usa on'yomi.

Ejemplo:
見る -> se usa kun'yomi み
見学 -> se usa on'yomi ケン

(on'yomi siempre se indica escrito con katakana por razones obvias)

Con On'yomi no siempre es tan "directo" como ir leyendo las palabras tal cual indica la lectura de cada kanji. Ejemplo:

学 (ガク)   +  校(コウ) --> 学校 se lee がっこう e lugar de がくこう.

No hay una regla específica para esas transformaciones (creo) pero uno puede llegar a comprenderla por cuestiones fonéticas...

Volviendo al tema de la "lectura"por defecto: para empezar no todos los kanjis tienen ambas lecturas (como es el caso del reciente usado 校 que carece de lectura kum'yomi). Sin embargo podríamos decir tentativamente que la lectura "llana" es la kun'yomi que es la que se utiliza cuando nos referimos exclusivamente a un solo kanji y además porque en esa forma (en forma de palabra -ya sea sustantivo, verbo, o adjetivo-) contiene el significado puro del ideograma:

Ejemplo
見 es un kanji que reprenta la idea de la visión. Su forma "estándar", es decir la que representa concretamente esa idea, es la que tiene forma de verbo y está escrita acompañada de hiragana 見る y tiene la lectura kun'yomi.

Peeeeero, no siempre es así. Otra vez con el ejemplo de 校, es un ideograma que contiene la idea de "establecimiento educativo" y como no tiene lectura kun'yomi, simplemente decimos que su lectura más significativa es la on'yomi.

Así también hay otros casos en que los kanjis aunque tengan lectura kun'yomi se encuentren mucho más frecuentemente utilizados en palabras compuestas (donde la lectura que se usa es on'yomi) y por tanto la más significativa, respecto a conveniencia, es esa...

Por lo tanto no existe una lectura que podamos llamar "por defecto".

¿Qué opinan sobre la idea de memorizar primero toda la gramática de la guía antes mencionada, antes de comenzar a aprender vocabulario y kanjis?.

Mi consejo es tratar de llevar todo al mismo tiempo, al mismo ritmo. Especialmente gramática y vocabulario, es lo elemental para entender el IDIOMA japonés de manera íntegra. Gramática sin vocabulario carece de sentido lógico, vocabulario sin gramática también. La gramática es lo que usamos para darle sentido, para vincular el vocabulario.

Y por último. ¿alguna idea sobre como diferenciar o saber cual verbo es transitivo o intransitivo?

Ya que recién empezás, lo más importante por ahora es que tengas el concepto de cada uno...no hay reglas fijas que te digan si un verbo es transitivo o intransitivo (las hay pero no siempre funcionan directamente y aplicarlas te hace perder más tiempo del que te llevaría simplemente SABER cuál es cual gracias a la experiencia). Entonces conceptualmente es así:

-Verbo transitivo: Existe un "actor" que "aplica" el verbo sobre un objeto directo. Ejemplo: Cerrar la puerta (Una persona acciona sobre un objeto)

-Verbo intransitivo: El mismo objeto "aplica" el verbo sobre sí mismo. Ejemplo: La puerta se cierra (digamos: ella misma se cierra)

En español generalmente decimos los intransitivos como: "se+verbo" o "verbo+se"  Ejemplo: secar (transitivo) secarse/se seca (intransitivo).

Eso fue una explicación de concepto, nada muy profundo ni explicado con verdadera técnica...un profesor de español se arrancaría los pelos si leyera esto jajaja...pero lo importante es la idea ^^.

Espero que haya quedado todo claro, cualquier cosa: preguntás en el foro =D

Si recién empezás no te recomiendo eso de "aprenderte las lecturas" así de lleno. Siempre dije lo mismo y lo voy a seguir diciendo: en cuanto a Kanji, para los principiantes, lo mejor es aprenderlos mientras van apareciendo.

Si te ponés directamente a estudiar kanji te vas a terminar saturando y cuando pasés dos semanas si haber visto algún que otro kanji ya te vas a olvidar la lectura y hasta lo que significa... Eso de memorizar un kanji rara vez da buenos resultados.

Vocabulario y Kanji no son lo mismo. Además si seguís así vas a encontrarte con palábras verdaderamente básicas que tienen kanjis montruosos, cosa que no concordaría al nivel de japonés que estarías manejando. Por eso el proceso es el siguiente:

-Estudiar vocabulario implicaría saber como se pronuncia y cómo se escribe una palabra en hiragana.
-Al cabo de un tiempo, de tanto usar una palabra (en hiragana) y de verla en su forma de "kanji" ya vas a poder leerla en kanji (aunque al principio no sepas escribirla) -de hecho yo puedo leer muchos más kanjis de los que se escribir- (esa lectura la sé porque conozco la palabra y cuáles son sus kanjis, no porque sepa todas las lecturas de los kanjis)
-Conforme vayas superando las primeras etapas, podés empezar a preocuparte por estudiar cómo escribir esas palabras usando kanji (la lectura y el significado ya lo vas haber aprendido antes).
-Cuando tengás aún más experiencia, cada vez que te topes con una palabra nueva vas a poder "deducir" su lectura y hasta una aproximación de su significado gracias a que "de tanto usar" esos kanjis (para otra palabra) vas a haber aprendido sus lecturas.

Muchas veces hago este ejemplo para demostrarlo:

日 significa "día" y se lee  ひ
日曜日 significa "domingo" y se lee にちようび

Habiendote aprendido sólo el hiragana, al ser palabras muy comunes, verás varias veces esas palabras escritas en kanji...ahora. Cuando te aprendiste la palabras (es decir con hiragana) implícitamente te aprendiste 3 lecturas:
-En la primera palabra aprendiste la lectura kun'yomi (en realidad lo que te interesó fue el significado y cómo se dice, pero aprendiste el kun'yomi al mismo tiempo sin  intención)
-En la segunda aprendiste la lectura on'yomi, es decir にち (el primer caracter), y otra kun'yomi び que corresponde al último 日 (acá ves que decidir entre kun'yomi y on'yomi no es muy sencillo...es mejor aprenderte la palabra y listo no?? jaja)

Nos estamos leyendo. じゃね