Para mí la diferencia clave es que el に me indica un ''inside'' mientras que el ところ un ''at'', es decir, con el ところ no se especifica un lugar en concreto, por eso, es que si digo Xさんはテーブルのところにいます no se sabe si está encima, abajo, dentro, al lado, simplemente se dice que está donde está la mesa.
ほなな~