La verdad, ni soy cristiana ni vivo en Japón, pero creo que puedo hablar un poquito del tema. (^^)
Sí existen cristianos en Japón, aunque creo haber leído hace tiempo que apenas representan un 1 o 2% de la población. Son escasos, pero existen y creo que eso responde a tu pregunta. Como los cristianos del resto del mundo, van a misa en la iglesia y practican otras costumbres, como celebrar la Navidad, etc. De hecho, adjunto una fotografía de una iglesia cristiana en Yokohama. Me la envió un amigo el año pasado el día de Navidad, preguntándome si yo también iba a la iglesia ese día (a lo que respondí con una enorme negativa xD). En fin, a lo importante, creo que Japón es visto desde fuera como un país que, a pesar de su modernización, es enormemente místico, y parecen también importantes las religiones (shintoísmo, budismo, etc) pero en la realidad, el número de japoneses que cree y/o practica sus creencias es realmente reducido. La mayoría pasan, literalmente, de la religión. Habrá gente que crea y practique, sí, como en todas partes, pero ya no es lo más extendido. Volviendo a lo de la Navidad, la verdad es que representa un día festivo en todo el país, pero todo depende de la visión de cada uno la manera en que lo afronte. Las familias cristianas lo celebrarán a la manera cristiana, y para el resto de la población profana esta festividad no significa más un día romántico para pasar con la pareja e intercambiar regalos; relegando las reuniones familiares a fin de año, etc.
Mi profesora de japonés en España, hija de padre español y cristiano acérrimo y de madre japonesa, nació y vivió en Tokyo toda su vida hasta hace apenas 4 años. Es cristiana, fue bautizada, iba a la iglesia e incluso se casó allí.
Esta es otra, hace algunos años (no sé si todavía) estuvo de moda entre los japoneses jóvenes el casarse por la iglesia, independientemente de sus creencias religiosas. Lo importante era lo bonito que queda, el vestirse de blanco, la fiesta, etc. Vamos, que lo hacían porque la ceremonia era bonita, no porque creyesen en Dios. De hecho, se emitió un reportaje en TVE sobre los japoneses que incluso venían a España para casarse en iglesias sevillanas o granadinas, porque para ellos quedaba muy folklórico y exótico. Como ves, la religión no importa demasiado. Partiendo de la poca importancia que tiene, de que da lo mismo lo que sea con tal de el resultado, y de lo poco extendidas que están las creencias hoy en día, podría decir que no creo que la religión que uno profese tenga ningún tipo de incidencia en las relaciones personales, así que no creo que se mire a los cristianos de una manera especial. No creo que se haga ninguna diferencia, aunque todo depende de a qué tipo de extremismo se lleve, y por supuesto no conozco todos los casos.
Respecto a la manera de contar los años, he visto en documentos oficiales, billetes de trenes o entradas de museos el año escrito a la manera tradicional, es decir, contando según la era y el emperador, pero generalmente en el resto de los sitios, en e-mail, hablando con gente día a día, lo que más he visto usar ha sido el mismo sistema que en occidente: contando a partir del año 0 nacimiento de Cristo.
¡Espero que esto te sirva para algo! (^^3