Excepto algunos pocos casos se puede saber que kanji en específico usar en cada palabra aunque compartan sonidos por la palabra en que está escrito, y en los casos donde sean palabras homófonas por el contexto en que se usan

De tal manera si se pregunta la hora y  se obtiene como respuesta しちじ (7 horas)　se comprende de inmediato que el kanji じ adecuado es el de hora 「七時」.  Y en cambio si se está con un médico discutiendo una infección de oído y se menciona ちゅうじ (oido interno) se sabe que el kanji じ adecuado para esa palabra es el que se refíere a oído 「中耳」

Cuando se empiezan a estudiar los kanjis  puede ser muy confuso todo, pero entre más se van usando y más vocabulario se va adquiriendo paulatinamente se va haciendo más natural y las dudas sobre que kanji usar se van haciendo más esporádicas.

Otra pregunta sobre el tema:
Como saber que pronunciacion es la mas adecuada para un Kanji en cada caso porque se puede leer de varias maneras, Por ejemplo 估 puede leerse  コ,  あきな.う,  あた.い y ahy algunos que tiene mucas mas lectura he visto que algunos hasta mas de 10.
Como se que lectura utilizar, cual seria la mas adecuada?, porque hay personas que solo conoceran una de sus lecturas y si se les dice otra quiza no lo entiendan.
Gracias por las molestias.

ありがとうございます。

ありがとうございます。

la lectura くんよみ o 訓読み se utiliza cuando van solos los 漢字 como 見る(みる) y es lectura china y la lectura おんよみ o 音読み se utiliza cuando los 漢字 van juntos como este ejemplo "漢字".

Saludos!!!